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AVS/Express VizによるGaussian03の計算結果の可視化方法なお、以下では AVS/Express Viz を AVS と表記します。 可視化に必要なファイルおよび修正必要なファイルGaussian 03 の出力ファイルを使って可視化を行います。 また、可視化の対象によって必要なファイルが異なります。
拡張子が異なると AVS でファイルを正しく読み込めませんので注意してください。 Cubeファイルは、GaussViewで Cube を作成後、ファイルに保存することで Cube ファイルが得られます。 Cubeファイルの修正
Cubeファイルを利用する場合、Cubeファイルの2行目に対して以下の修正を行ってください。
alpha spin density, beta spin density においても電子密度の場合と同様に修正してください。 アプリケーションの作成と表示例以下では、出力ファイル(sample.log)と 2種類のCubeファイル(分子軌道 sample_MO.cube、静電ポテンシャル sample_esp.cube) を読み込んで、分子可視化を行う方法を具体的に示します。AVS の使い方などについては、AVS/Express のマニュアルや講習会資料等を参照ください。 分子軌道と分子構造の可視化例
分子構造と分子軌道を表示する例を以下に示します。
次に、下図のようにネットワークを組み、出力結果ファイルおよびCube ファイルを読み込みます。 モジュール: Read Gaussian Log (KGT/Data IO) 出力結果データ読込 Read Gaussian Cube (KGT/Data IO) Cubeデータ読込 set minmax (Main/Filters) データ範囲指定 isosurface (Main/Mappers) 等数値面表示 データ :sample.log sample_MO.cube
モジュール isosurface を2つ使い、絶対値が同じで正負が異なる2つの等数値面を表示しています。表示例では、iso level が ±0.04 の2つの等数値面(色は青・橙)となっています。
静電ポテンシャルと分子構造の可視化例
分子構造を表示させつつ、ある面上で静電ポテンシャルを表示する例を以下に示します。
モジュール: Read Gaussian Log (KGT/Data IO) 出力結果データ読込 Read Gaussian Cube (KGT/Data IO) Cubeデータ読込 set minmax (Main/Filters) データ範囲指定 orthoslice (Main/Mappers) 等数値面表示 データ :sample.log sample_esp.cube
もし面塗りつぶしコンターの色が一色になってしまう場合には、set minmax モジュールにてデータ表示範囲を絞ってみてください。この例では、min value と max value はそれぞれ -0.1 と 2.0 で表示しています。 静電ポテンシャルと分子構造の可視化例(2)
2つの直行する面において、1つは等数値面、もうひとつは等数値線で静電ポテンシャルを表示する例を以下に示します。
モジュール: Read Gaussian Log (KGT/Data IO) 出力結果データ読込 Read Gaussian Cube (KGT/Data IO) Cubeデータ読込 set minmax (Main/Filters) データ範囲指定 orthoslice (Main/Mappers) 等数値面表示 isoline (Main/Mappers) 等数値線表示 データ :sample.log sample_esp.cube
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