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Molcas

機能概要

Molcasは、科学者によって開発された量子化学計算パッケージです。 Molcasでは、基底及び励起状態での非常に一般的な電子構造を非経験的な手法により解くことが可能であり、 基底状態おける性質を正確に調べる方法(MP2, CC, CPF, DFT等)を実行する数多くのコードを含んでいます。 さらに、Molcasは、重原子を含んだ化学反応における励起状態や遷移状態についても取り扱うことができます。

利用方法

利用範囲

宇治・桂・吉田キャンパスユーザ

利用キュー

JP/UV

実行方法

% module load molcas
% molcas [environment][flags] input | script

molcas には様々なオプションが用意されています。 詳しくはマニュアルを参照していただきたいのですが、以下に簡単にいくつかの例をご紹介します。

% molcas -f job.input

この例では入力ファイル job.input のみを指定しています。 計算結果ファイルとエラー出力ファイルは job.log に job.err なります。

もし、計算結果ファイルやエラー出力ファイルを個別に指定したい場合には以下のようにしてください。

% molcas input -o output -e err

この例では、入力ファイル input、計算結果ファイル output、エラー出力ファイル err を指定しています。

また、スクラッチファイルの取り扱いについては、以下のオプションが指定可能です。

% molcas -clean input : 計算終了後にスクラッチ領域にあるファイルやディレクトリを削除します。
% molcas -new input : 計算開始時にスクラッチ領域にあるファイルやディレクトリを削除します。
% molcas -old input : スクラッチ領域を再利用します。

並列数の指定では、環境変数 MOLCAS_CPUS で指定してください。

setenv MOLCAS_CPUS 4   (4並列の場合)

バッチスクリプトでの実行例

以下、バッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=8

source /etc/profile.d/modules.csh
module load molcas

setenv MOLCAS_CPUS 8

cd $PBS_O_WORKDIR
molcas -clean -f job.input

この例では、入力ファイル job.input 、計算結果ファイル job.log としています。 また、実行CPU数は 8 と指定しています。

サンプル

サンプルとなる入力ファイルや、その計算結果ファイルは、以下のディレクトリに格納されています。

/usr/appli/molcas/molcas80/Test
/usr/appli/molcas/molcas80/doc/samples

マニュアル

関連サイト

MOLCAS