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SCIGRESS

機能概要

SCIGRESSは、分子のモデリングから計算実行、計算結果の解析までを統合的なGUIで行うことが可能な計算化学統合プラットフォームです。分子軌道法、密度汎関数法、分子力学や分子動力学法など、数多くの計算手法やそれらに対する解析機能を包含しています。
SCIGRESSを利用することで、原子・分子レベルの微細な挙動や性質の解析が可能となり、低分子から高分子、結晶までの多岐にわたる材料に適用でき、最先端の材料研究や実験結果の検証、さらに教育目的など様々な分野に利用できます。

スパコンシステムでは以下のモジュールが利用可能です。

GUI

Workspace
分子の作成、原子価、混成や構造の自動整形、キラル反転、コンフォメーションのアニメーション、電荷や結合次数の表示、エネルギーマップの作成、UVやIRスペクトルの表示、分子の重ね合わせなどができます。
Spreadsheet
複数化合物に対する自動バッチ処理に加えて、構造や測定可能な物理化学的物性との相関関係を元に未知化合物の活性や物性を予測できます。

インタフェース

MO I/F
SCIGRESS MO用のインタフェースです。分子軌道やIR、UV-visスペクトルの表示が行えます。
MD I/F
SCIGRESS MD用のインタフェースです。アモルファスモデルの構築や平均二乗変位等各種解析が行えます。
ADF I/F
SCM社の密度汎関数法プログラムADF(BAND含む)のインタフェースです。均一系・不均一系触媒から無機化学、重元素化学、生化学等の幅広い分野に利用できます。
CONFLEX I/F
コンフレックス社のCONFLEX用のインタフェースです。

計算エンジン

Mechanics
分子力学法を用いて分子の最適構造などを計算するモジュールです。
Dynamics
分子動力学法のソフトウェアで、分子モデルの挙動をシミュレートできます。
Extended Huckel
シュレディンガー方程式を解く経験的な分子軌道計算法です。
ZINDO
半経験的分子軌道法のプログラムです。
MO(並列化版)
MOは、MO-GとMO-Sの2種類の半経験的分子軌道法のプログラムから構成されます。MO-GはMOPAC2002を元に富士通(株)が独自に改良を加えたプログラムであり、溶媒効果を考慮したCOSMO法、およそ2万原子まで扱うことのできるMOZYME法も利用できます。MO-Sは、電子の励起を計算するためのプログラムであり、有機分子の紫外・可視スペクトルを精度良く求めることができます。
CONFLEX3
環構造および直鎖構造を持つフレキシブルな分子の配座異性体の最適化構造を探索できます。
MD-ME(並列化版)
古典的分子動力学法に基づき、無機物や有機物から構成されるさまざまな材料の設計を支援するためのソフトウェアです。

 

利用方法

SCIGRESSの利用にあたっては、特殊アプリケーションの利用申請をお願いします。

SCIGRESSを利用するには、端末PCへSCIGRESSのインストールを行うことが必要です。
インストール後、Workspace を起動し、モデルを端末PCで構築。 そして、バッチ経由で計算サーバへジョブを投入します。
その後、計算結果を端末PCで確認することができます。

端末PCの動作環境は次の通りです。

OSCPUMemoryHDD
Windows XP 32bit版
Windows Vista 32bit版
Windows 7 32bit版 / 64bit版
Pentium 4
3GHz相当以上
(最低Pentium M 1GHz以上)
推奨2GB以上
(最低1GB)
2GBの空き容量
(最低200MB)

ライセンス設定

SCIGRESSのライセンスサーバは fe3.scl.kyoto-u.ac.jp です。 以下の内容が記述された License.lic を作成し、SCIGRESS のライセンスマネージャーに 読み込ませることで起動することができます。

SERVER fe3.scl.kyoto-u.ac.jp ANY 1601

ライセンスマネージャーの起動は、Windows の「スタート」→「すべてのプログラム」 →「SCIGRESS x.x.x」→「License Manager」を選択して起動します。この時、管理者として 実行するようにしてください。そして、「Install License」タブをクリックし、Browse... ボタで先ほど作成したライセンスファイル License.lic を指定し、最後に install ボタンを 押します。 "The SCIGRESS license was installed successfully.”というメッセージが表示されれば完了です。

計算サーバの指定

SCIGRESSはPC端末でも計算サーバでも実行が可能です。デフォルトは、ローカル(つまりPC端末)となっています。 計算サーバを指定するためには、まず「計算の実行」ダイアログ画面にて「サーバの選択」ボタンを押して、 「サーバの選択」画面を表示します。そして、「追加」ボタンを押して、以下を入力してください。

http://fe2.scl.kyoto-u.ac.jp:8080/axis2/services/CPWebService

 

ダウンロード

事前に必要な利用申請を提出されたユーザのみ以下よりインストールメディアのダウンロードが可能です。

ダウンロードセンター(システムのIDとパスワードが必要)

マニュアル

関連サイト