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新システム移行に関する重要なお知らせ (2011/12/22)

(1) 以前にお知らせした内容との違いは"赤字"で表記しています。
(2) 特に重要な部分は"紫字"で表記しています。

現在多くの皆様にメールサービスや計算サービスをご利用いただいておりますが、引き続き、高速かつ利便性に優れた研究環境をご利用していただくため、より高速なファイルサーバおよび計算サーバ群、さらにバージョンアップされた各種アプリケーションからなる新システムの運用が2012年1月より開始される予定です。

新計算サーバには SGI社製 UV 1000 (512core/8TBメモリ) システム 2式(以下 UVシステム)が導入され、現行システムのコア数比4倍、メモリサイズ比16倍にリソースが増強されます。

来年1月からの正式運用に先立ち、12月より現行の altix システムから新しい UV システムへの移行を開始させていただくこととなりました。移行期間中、ご利用の皆様にはご不便等おかけいたしますが、これまで以上に高性能な計算サーバや最新のアプリケーションがご利用いただける環境となりますので、ご理解・ご協力のほど、よろしくお願いいたします。

なお、メールサーバやWebサーバ、ファイルサーバについても今後随時新サーバに置き換えられていきますが、これまで通りの設定や利用手順にて継続的にご利用いただくことが可能です。

新計算サーバの特徴

新システムと現行システムでは、どちらも OS は SUSE Linux であり、またバッチジョブシステムもこれまで同様 PBS Professional が利用可能です。コンパイラについても、従来通り Intel コンパイラがご利用できます。

最も大きな違いは、CPUの単体性能やCPUコア数の増加、メモリサイズの増加といった計算リソースの増強はもちろんですが、CPUのアーキテクチャも大きく変わっています。現行システムのアーキテクチャはIA64でしたが、新システムでは x86_64系となります。そのため、バイナリに互換性がありません。そのため、コンパイラをご利用のユーザは、新システムにて再度ソースコードのコンパイルをお願いします。

新システムへの移行スケジュール

新システムへの移行は、1) 準備期間(9月下旬〜11月末頃) ⇒ 2) 仮運用(12月) ⇒ 3) 正式運用(1月〜) の順に進められます。以下に、各期間での注意点をお知らせします。

準備期間(9月下旬〜11月末頃)

新システムへの移行準備のため、現在提供されているサービスの一部が停止されます。

<SHORTおよびLONGキューの使用停止>
実施日 : 2011年9月26日
内容 : Materials Studio 経由でバッチジョブ投入ができる計算モジュールは、CASTEP/DMol3/Discoverのみとなります。それ以外の計算モジュールについては、申し訳ありませんが、仮運用が開始されるまでの間、ローカル端末での実行をお願いします。仮運用開始後は、新システムを利用して Materials Studio および Discovery Studioのすべての計算モジュールが利用可能となる予定です。

<現行計算サーバの縮退運転>
実施期間 : 2011年10月3日〜
内容 : 現行の計算サーバ altix で利用可能な計算リソースが半減し、ユーザあたりの同時実行可能数なども縮小される予定です。その後、現行の計算サーバは12月下旬に完全に停止します。

<Materials Studio/Discovery Studioのライセンスサーバの一時休止>
実施日 : 2011年10月3日
内容 : 機器移設作業に伴い、Materials Studio/Discovery Studio の ライセンスサーバを 10/3の終日休止させていただきます。 従って、その間 Materials Studio/Discovery Studio の起動やジョブの 新規実行ができなくなります。現在実行中のジョブや、すでに起動済みの Materials Studio/Discovery Studio については影響ありません。


<現行計算サーバの停止>
停止日 : 2011年10月30日(宇治地区計画停電)
内容 : 今回は計算リソースが半減したことにより、宇治地区計画停電日には現行計算サーバも終日停止されます。そのため、実行中のジョブは強制終了となります。


<HUGEキューの使用停止>
実施日 : 2011年11月16日
内容 : 計算リソースの半減により、HUGEキューを停止させていただきます。

仮運用 (12月)

<現行計算サーバの停止>
停止日 : 2011年12月10日 9:00-17:00
内容 : 現行の計算サーバ altix が、システム移行作業のため、上記日程に停止します。なお、直前まで実行されていたジョブは強制終了となります。 ご了承ください。

<新計算サーバの暫定利用開始>
開始日 : 2011年12月12日
内容 : 新計算サーバ SGI UV 1000 (ホスト名:uva.scl.kyoto-u.ac.jp)へのログイン及びジョブ実行が可能です。 同種のサーバ uvb.scl.kyoto-u.ac.jp への直接ログインは12月下旬ごろの予定です。 なお、uvaとuvbのどちらのサーバも同じ環境が提供され、ユーザのホームディレクトリや/aptmp以下も共通です。

また、新計算サーバは、ハードウェアおよびソフトウェアの構築が完全に完了していないため、場合によっては急きょシステムの再起動を 行う場合があります。ご利用の際には、その点をご了承いただいたうえでご利用をお願いいたします。

<現行計算サーバのログイン方法の変更>
変更日 : 新計算サーバ利用開始日
内容 : 現行計算サーバへのログイン方法が変わります。 新計算サーバの利用が開始された場合には、一度新計算サーバにログインした後で、以下のアドレスで現行計算サーバにログインしてください。
現行計算サーバのログインアドレス:altixa.scl.genome.ad.jp
なお、従来の altix.scl.kyoto-u.ac.jp でもしばらくはログインが可能ですが、12月上旬からは不可になります。
現行の計算サーバのログイン方法に変更はありません。

<Mathematica ライセンスサーバの変更>
実施日 : 2011年12月12日
内容 : 現行のMathematicaライセンスサーバの代わりとして、 新たなライセンスサーバが利用できます。Mathematica 起動時に Server name の 入力を求められますので、r712.scl.kyoto-u.ac.jp としてください。

<新計算サーバの再起動>
再起動 :2011年12月14日
内容 : 新計算サーバが一時停止し、再起動されます。実行中のジョブは、再起動となります。


<ライセンスサーバの変更>
実施日 : 2011年12月22日
内容 : 現行のライセンスサーバは12/27に停止します。 そのため、ライセンスサーバの設定変更をお願いします。
対象アプリケーション:Materials Studio, Discovery Studio


<現行計算サーバの停止>
停止日 :2011年12月27日
内容 : 停止のための準備期間が必要なため12/26にすぐに停止するわけでは ありませんので、継続してログインや計算をしていただいても構いません。 ただし、準備ができ次第速やかに停止しますので、その点あらかじめ ご了承ください。 12/27に現行計算サーバが停止します。実行中のジョブは強制終了れます。ご了承ください。


<計算サーバのホームディレクトリ>
内容 : 現行計算サーバと新計算サーバのホームディレクトリは物理的に同じディスクを参照しますので、データ移行作業等は必要ありません。現行計算サーバからアクセスできるファイルは、新計算サーバからも同様にアクセス可能です。 この仕組みは現行計算サーバから新計算サーバにデータをコピーするのではなく、あくまでも同じディスクを参照することで実現しています。そのため、現行計算サーバに置かれたファイルを削除してしまうと、新計算サーバからも参照できなくなってしまいますので十分注意してください。
言い換えると、ファイルに対して作成・変更・削除したい場合、どちらか一方のサーバから作業すれば済むことになります(ただし、バイナリのアーキテクチャーはコンパイルしたサーバに依存します)。

<計算サーバの /aptmpディレクトリ>
内容 : 一時領域としてご利用いただいています /aptmp ですが、これもホームディレクトリと同様に、現行計算サーバと新計算サーバのどちらからも同じようにファイルやディレクトリが参照可能です。

<課金対象サーバ>
課金対象サーバ:12月は計算サーバとして現行計算サーバおよび新計算サーバのどちらも利用できますが、課金対象となる計算サーバは現行サーバ altix のみとなる予定です。

正式運用 (1月〜)

正式運用開始日 : 2012年1月1日より



アプリケーション

新計算サーバで現時点で利用可能なアプリケーション

新計算サーバ(uva.scl.kyoto-u.ac.jp)において、利用できるアプリケーションはこちらを 参照ください。

新計算サーバ(uva.scl.kyoto-u.ac.jp)において、利用開始時(12/12)に利用できるアプリケーションは以下の通りです。

  • PBSPro 11.1
  • Gaussian09 Rev.b01
  • Intel Cluster Studio/Intel Inspector/Intel Amplifier
  • Mathematica

    【注意点】
  • Gaussian09 のコマンド名は以前と同じ rung09 です。また、Gaussian09 用に用意されていた formchk09やcubegen09 などのコマンドはすべて最後のバージョン番号がなくなりました。(例 formchk, cubegen)
  • PBSではキュー名は変更ありませんが、キュー毎で利用可能なリソース(コア数やメモリサイズ)については変更となっています。 詳細についてはこちらを参照ください。 なお、この制限は仮運用時のものであり、1月1日以降変更となる可能性があります。 これまでのジョブ投入や削除といったコマンドについては大きな変更はありません。


変更・新規追加されるアプリケーション

  • Intel Cluster Studio
  • Intel Inspector
  • Intel Amplifier

  • SCIGRESS
    (Mechanics, Dynamics, Extended Huchkel, ZINDO, MO, CONFLEX, MD, ADF)

  • Materials Studio(全モジュール利用可能)
  • Discovery Studio(全モジュール利用可能)

利用停止となるアプリケーション

  • Q-Chem

  • MOPAC2006
    SCIGRESSがMOPACの代わりとして利用可能となる予定です。

  • Isentris/DiscoveryGate
    ReaxysがDiscoveryGateの代わりとして利用可能です。

これまで通り利用可能なアプリケーション

  • Gaussian09
    (※ altix では G03Rev.E01 および G09Rev.B01 が利用可能でしたが、uva/uvb では G09Rev.B01 のみとなりますのでご注意ください。)
  • GaussView5
  • GAMESS
  • PBS
  • Amber
  • IMSL
  • Mathematica
  • Reaxys
  • CSD
  • AVS/Express


ご不明な点などありましたら、スパコンシステムまでお問合せください。