機能概要
SCIGRESSは、分子のモデリングから計算実行、計算結果の解析までを統合的なGUIで行うことが可能な計算化学統合プラットフォームです。分子軌道法、密度汎関数法、分子力学や分子動力学法など、数多くの計算手法やそれらに対する解析機能を包含しています。
SCIGRESSを利用することで、原子・分子レベルの微細な挙動や性質の解析が可能となり、低分子から高分子、結晶までの多岐にわたる材料に適用でき、最先端の材料研究や実験結果の検証、さらに教育目的など様々な分野に利用できます。
スパコンシステムでは以下のモジュールが利用可能です。
GUI
- Workspace
- 分子の作成、原子価、混成や構造の自動整形、キラル反転、コンフォメーションのアニメーション、電荷や結合次数の表示、エネルギーマップの作成、UVやIRスペクトルの表示、分子の重ね合わせなどができます。
- Spreadsheet
- 複数化合物に対する自動バッチ処理に加えて、構造や測定可能な物理化学的物性との相関関係を元に未知化合物の活性や物性を予測できます。
インタフェース
- MO I/F
- SCIGRESS MO用のインタフェースです。分子軌道やIR、UV-visスペクトルの表示が行えます。
- MD I/F
- SCIGRESS MD用のインタフェースです。アモルファスモデルの構築や平均二乗変位等各種解析が行えます。
- ADF I/F
- SCM社の密度汎関数法プログラムADF(BAND含む）のインタフェースです。
均一系・不均一系触媒から無機化学、重元素化学、生化学等の幅広い分野に利用できます。
計算サーバにインストールされたADFを指定して計算することができます。
なお、BANDについてはスパコンシステムではライセンスを保有していませんので、BANDを使った計算はできません。
- CONFLEX I/F
- コンフレックス社のCONFLEX用のインタフェースです。
- Gaussian I/F
- 計算サーバにインストールされたGaussian16を指定して計算を行うことができます。
- GAMESS I/F
- 計算サーバにインストールされたGAMESSを指定して計算を行うことができます。
計算エンジン
- Mechanics
- 分子力学法を用いて分子の最適構造などを計算するモジュールです。
- Extended Huckel
- シュレディンガー方程式を解く経験的な分子軌道計算法です。
- ZINDO
- 半経験的分子軌道法のプログラムです。
- DGauss
- 密度凡関数法のプログラムです。
- MO
- MOは、MO-GとMO-Sの2種類の半経験的分子軌道法のプログラムから構成されます。MO-GはMOPAC2002を元に富士通（株）が独自に改良を加えたプログラムであり、溶媒効果を考慮したCOSMO法、およそ2万原子まで扱うことのできるMOZYME法も利用できます。MO-Sは、電子の励起を計算するためのプログラムであり、有機分子の紫外・可視スペクトルを精度良く求めることができます。
また、計算サーバにインストールされたMOPAC2016を指定して計算を行うことができます。
- CONFLEX3
- 環構造および直鎖構造を持つフレキシブルな分子の配座異性体の最適化構造を探索できます。
- MD-ME
- 古典的分子動力学法に基づき、無機物や有機物から構成されるさまざまな材料の設計を支援するためのソフトウェアです。
また、計算サーバにインストールされたLAMMPSを指定して計算を行うことができます。
利用方法
SCIGRESSの利用にあたっては、まずは特殊アプリケーションの利用申請をお願いします。
なお、ご利用いただけるのは、京都大学に所属の方のみとなっていますので、ご注意ください。
利用申請後、以下のダウンロードよりSCIGRESSをダウンロードし、利用申請にて登録したPC端末にインストールしてください。
その後、Workspace を起動し、モデルをPC端末で構築。
そして、PC端末もしくは計算サーバへジョブを投入します。
その後、計算結果を端末PCで確認することができます。
ライセンスサーバの設定方法や計算サーバの指定方法などについては、以下の「マニュアル」にある、インストール・起動・実行マニュアルを
ご参照ください。
また、動作保証の対象外とはなりますが、学外からVPN接続にてSCIGRESSを利用することも可能です。
ダウンロード
事前に必要な利用申請を提出されたユーザのみ以下よりインストールメディアのダウンロードが可能です。
ダウンロードセンター（システムのIDとパスワードが必要）
マニュアル
講習会用テキスト
インストール手順書・新機能・詳細マニュアル等
関連サイト
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