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Amber

機能概要

Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。 Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。

利用方法

利用範囲

非営利

利用キュー

JP/PK/UV

GPU版 pmemd 利用時には、PKキューを利用してください。

実行方法

Amberに付属していますシミュレーションプログラムや解析プログラムが利用可能です。 sander や pmemd はそれぞれMPIによる並列化版として、sander.MPI や pmemd.MPI が用意されています。
さらに、pmemd には、GPU版として、pmemd.cuda(単精度版)や pmemd.cuda_DPFP (倍精度版)が用意されています。 GPU版はまだ実験的なコードですので、使用にあたっては十分にご注意ください。

各種プログラムには、多くのオプションが指定できます。詳細はマニュアルをご参照ください。
sander, pmemd の並列化版では、それぞれのコマンド名の直後に、-np "CPU" のオプションを用いてCPU数の指定をしてください。

以下に、sander と pmemd の並列化版のコマンドの実行方法を示します。

% module load amber/14
AMBER14 environment
Intel Cluster Edition 2016 environment
% mpirun -np nproc sander.MPI [-O] -i mdin -o mdout  ⇒
           ⇒ -p prmtop -c inpcrd -r restrt  [必要に応じてオプション指定]
% module load amber/14
AMBER14 environment
Intel Cluster Edition 2016 environment
% mpirun -np nproc pmemd.MPI [-O] -i mdin -o mdout  ⇒
           ⇒ -p prmtop -c inpcrd -r restrt  [必要に応じてオプション指定]

-O : 計算結果ファイルを上書き

バッチスクリプトでの実行例

sander (MPI版)

以下、sander 計算でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。 sander.MPI や pmemd.MPI 等の MPI版では、実行CPU数は2以上としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load amber/14

cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 10 sander.MPI -O -i gbin -c trpcge.crds -p TC5b.top -o gboutmpi.out 

この例では、入力ファイル gbin, trpcge.crds, TC5b.top 出力ファイル gboutmpi.out としています。また、実行CPU数は 10 と指定しています。

pmemd (MPI版)

以下、pmemd 計算でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。 sander.MPI や pmemd.MPI 等の MPI版では、実行CPU数は2以上としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load amber/14

cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 10 pmemd.MPI -O -o mdoutmpi.out 

この例では、入力ファイル mdin, inpcrd, prmtop 、 出力ファイル mdoutmpi.out としています。また、実行CPU数は 10 と指定しています。 (入力ファイルのファイル名を変更する場合には、-i, -c, -p オプションでそのファイル名を指定してください。)

pmemd (GPU版)

以下、pmemd 計算(GPU版) でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、赤字の部分は特にご注意ください。

#!/bin/csh
#PBS -q PK5
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load amber/14
module load cuda/7.5

cd $PBS_O_WORKDIR
pmemd.cuda -O -o mdoutmpi.out 

この例では、入力ファイル mdin, inpcrd, prmtop 、 出力ファイル mdoutmpi.out としています。 (入力ファイルのファイル名を変更する場合には、-i, -c, -p オプションでそのファイル名を指定してください。)

コマンドリスト

AddToBox              fftw-wisdom-to-conf    ncdump               rism1d
ChBox                 fix_new_inpcrd_vel     ncgen                rism3d.snglpnt
FEW.pl                frcmod2xml             ncgen3               sander
MCPB                  func                   nef_to_RST           sander.LES
MCPB.py               gbnsr6                 new2oldparm          sander.LES.MPI
MMPBSA.py             hcp_getpdb             new_crd_to_dyn       sander.MPI
MMPBSA.py.MPI         hybrid                 new_to_old_crd       saxs
MTKppConstants        makeANG_RST            nf-config            saxs_md
OptC4.py              makeCHIR_RST           nmode                senergy
PdbSearcher.py        makeDIP_RST.cyana      paramfit             sequenceAligner
PropPDB               makeDIST_RST           parmcal              sgldinfo.sh
UnitCell              make_crd_hg            parmchk              sgldwt.sh
acdoctor              matextract             parmchk2             softcore_setup.py
add_pdb               matgen                 parmed.py            sqm
addles                matmerge               pbsa                 stats
am1bcc                matmul                 pdb4amber            stdLib2Sdf
ambmask               mdgx                   pdbSearcher          superimposer
ambpdb                mdgx.MPI               pmemd                sviol
ante-MMPBSA.py        mdnab                  pmemd.MPI            sviol2
antechamber           mdout2pymbar.pl        pmemd.amoeba         teLeap
atomtype              mdout_analyzer.py      pmemd.amoeba.MPI     tinker_to_amber
bondtype              minab                  pmemd.cuda           tleap
capActiveSite         mmE                    pmemd.cuda_DPFP      transform
charmmgen             mm_pbsa.pl             pmemd.cuda_SPFP      translate
charmmlipid2amber.py  mm_pbsa_nabnmode       prep2xml             tss_init
cphstats              mm_pbsa_statistics.pl  prepgen              tss_main
cpinutil.py           mmpbsa_py_energy       process_mdout.perl   tss_next
cpptraj               mmpbsa_py_nabnmode     process_minout.perl  ucpp
cpptraj.MPI           molsurf                protonator           xaLeap
database              mpinab                 pymdpbsa             xleap
elsize                mpinab2c               pytleap              xparmed.py
espgen                nab                    reduce               yacc
fantasian             nab2c                  residuegen
ffgbsa                nc-config              resp
fftw-wisdom           nccopy                 respgen

サンプルファイル

サンプルファイルは以下に格納されています。必要に応じてご参照下さい。

/usr/appli/amber/amber14/test

マニュアル

関連サイト

Amber(公式ホームページ)