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Amber

機能概要

Amberは、カリフォルニア大学のコールマン教授らのグループによって開発された、分子力学および分子動力学計算パッケージです。 Amberでは、分子力学、エネルギー極小化、基準振動解析、分子動力学、自由エネルギー計算などを行うことが可能です。

利用方法

利用範囲

非営利

利用キュー

JP/UV

実行方法

Amberに付属していますシミュレーションプログラム sander, pmemd, nmode や解析プログラム ptraj, mm-pbsa などが利用可能です。 sander や pmemd はそれぞれMPIによる並列化版として、sander.MPI や pmemd.MPI が用意されています。
各種プログラムには、多くのオプションが指定できます。詳細はマニュアルをご参照ください。
sander, pmemd の並列化版では、それぞれのコマンド名の直後に、-np "CPU" のオプションを用いてCPU数の指定をしてください。

以下に、sander と pmemd の並列化版のコマンドの実行方法を示します。

% module load amber/14_mpi
AMBER14 environment built with intel mpi
Intel Cluster Edition 2016 environment
% mpirun -np nproc sander.MPI [-O] -i mdin -o mdout  ⇒
           ⇒ -p prmtop -c inpcrd -r restrt  [必要に応じてオプション指定]
% module load amber/14_mpi
AMBER14 environment built with intel mpi
Intel Cluster Edition 2016 environment
% mpirun -np nproc pmemd.MPI [-O] -i mdin -o mdout  ⇒
           ⇒ -p prmtop -c inpcrd -r restrt  [必要に応じてオプション指定]

-O : 計算結果ファイルを上書き

バッチスクリプトでの実行例

sander

以下、sander 計算でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。 sander.MPI や pmemd.MPI 等の MPI版では、実行CPU数は2以上としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load amber/14_mpi

cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 10 sander.MPI -O -i gbin -c trpcge.crds -p TC5b.top -o gboutmpi.out 

この例では、入力ファイル gbin, trpcge.crds, TC5b.top 出力ファイル gboutmpi.out としています。また、実行CPU数は 10 と指定しています。

pmemd

以下、pmemd 計算でのバッチスクリプトのサンプルを示します。 斜体字部分を書き換えてください。また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。 sander.MPI や pmemd.MPI 等の MPI版では、実行CPU数は2以上としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load amber/14_mpi

cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 10 pmemd.MPI -O -o mdoutmpi.out 

この例では、入力ファイル mdin, inpcrd, prmtop 、 出力ファイル mdoutmpi.out としています。また、実行CPU数は 10 と指定しています。 (入力ファイルのファイル名を変更する場合には、-i, -c, -p オプションでそのファイル名を指定してください。)

サンプルファイル

サンプルファイルは以下に格納されています。必要に応じてご参照下さい。

/usr/appli/amber/amber14_intel_mpi/test

マニュアル

関連サイト

Amber(公式ホームページ)