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Discovery Studio

機能概要

Discovery Studioは、グラフィックスインターフェースを中心に、各種の計算モジュールや付加機能(オプション)を を組み合わせることによって、タンパク質などをモデリング、計算シミュレーションを行うことができるツールです。

スパコンシステムでは、宇治・吉田・桂のすべての地区に対するサイトライセンスを保有しています。 したがって、Discovery Studio の全モジュールが利用可能です。

どのような機能を持つモジュールが用意されているか、どのような研究に活用できるかなどについては以下のサイトをご参照ください。
http://accelrys.com/products/collaborative-science/biovia-discovery-studio/

 

利用方法

各研究室内で特定のPCにインストールして利用することができます。 また、Materials Studio および Discovery Studio は京都大学 宇治・吉田・桂キャンパスにおける アカデミックサイトライセンス契約となっていますので、同一研究室内で、複数の利用者が同時に 当該アプリケーションを利用することも可能です。 利用希望者は特殊アプリケーション利用申請書を提出してください。

【利用条件】
本アプリケーションはアカデミックサイトライセンス契約に基づく利用となります。そのため、以下の制約がありますので、ご注意ください。
(利用者)
京都大学に所属する教職員・学生
(利用場所)
京都大学の宇治・吉田・桂キャンパス内に設置されたパソコンに限られます。学外(自宅、他大学等)から京都大学ネットワークに接続して 利用することはできません。
(利用目的)
学問的使用および学問的研究を目的とした使用で、使用結果に関しては 秘密性や独占性がなく、直ちに公表できる研究にのみ利用が認められます。
また、企業からの資金提供を受けたプロジェクトではこれらソフトウェアを利用することはできず、 公的資金で運営されているプロジェクトでのみの利用となります。
さらに、利用者自身の研究目的にのみ利用することができ、受託解析を行うことはできません。 ただし、他の大学と共同研究を実施して京都大学の研究者が解析を行った場合、その解析結果が その京都大学の研究者の名前を含めて発表されるのであれば、問題ありません。

Discovery Studio Client からの計算実行

【準備】
Clientから計算サーバへジョブを投入する場合には、Pipeline Pilot サーバの指定が必要です。 Pipeline Pilotサーバとは、PC端末と計算サーバを中継してくれるサーバです。
なお、自分のPC端末上で計算を行う場合にはこの設定は不要です。

  1. DS Clientを起動
  2. 計算させたい高分子を表示後、そのウィンドウ右下の Server:<none> もしくは Server:localhost と書かれた領域を ダブルクリック
  3. Change Server ウィンドウが表示されるため、Server name: には fe2.scl.kyoto-u.ac.jp:port番号と入力し、最後に OKボタンを押します。
  4. その後、ウィンドウ右下の部分に、Server:fe2.scl.kyoto-u.ac.jp:port番号 と表示されていればOKです。

【port番号とバージョン】
port番号とバージョンとの対応は次の通りです。

port番号バージョン
31462017 R2(最新版)
31532017
31434.5

【実行】
上記の準備ができた後の実行方法は、PC端末上での実行と同じです。

なお、最初の実行時に認証画面が表示されることがあります。その場合には、スパコンシステムの ユーザ名とパスワードを入力してください。

実行時のプロセッサ数は、計算パラメータの設定項目の一つであるAdvancedの項目の中で 指定が可能で、1, 2, 4, 8, 16 のいずれかとなります。
計算サーバでは JP20 キューにおいて、上記で指定したプロセッサ数で実行されます。 しかし、qstat コマンドなどでそのジョブのプロセッサ数を確認すると常に 20 となり、 実際のプロセッサ数とは異なる数が表示されますが、無視してください。

ダウンロード

事前に許可を受けたユーザのみ以下よりインストールメディアのダウンロードが可能です。

ダウンロードセンター(システムのIDとパスワードが必要)

マニュアル

 

関連サイト