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Gromacs

機能概要

Gromacs は、分子動力学を実行するための汎用性のある計算パッケージです。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

JP

実行方法

Gromacs はOpenMP版とMPI版の2種類が用意されています。 OpenMP版の実行コマンドは gmx です。また、MPI版の実行コマンドは gmx_mpi です。 コマンド実行前に、module コマンドで環境設定をしてください。

【OpenMP版の場合】
% module load gromacs/2016
【MPI版の場合】
% module load gromacs/2016-mpi

バッチスクリプトでの実行例

以下にMD計算に対するバッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

OpenMP版

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=4

source /etc/profile.d/modules.csh
module load gromacs/2016

cd $PBS_O_WORKDIR
setenv OMP_NUM_THREADS 4

gmx mdrun -ntomp 4 -v -deffnm md

この例では、実行CPU数は 4 と指定しています。

MPI版

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=4:ncpus=1:mpiprocs=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load gromacs/2016-mpi

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 4 gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -v -deffnm md

この例では、実行CPU数は 4 と指定しています。

マニュアル

Gromacs Documentation(公式ホームページ)

関連サイト

Gromacs(公式ホームページ)