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Gromacs

機能概要

Gromacs は、分子動力学を実行するための汎用性のある計算パッケージです。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

JP/PK

実行方法

Gromacs の実行コマンドは gmx です。 コマンド実行前に、module コマンドで環境設定をしてください。

例) % module load gromacs/2018.1

現在利用可能なバージョンとそれに対応したモジュール名は以下の通りです。

バージョンthreads-MPI版のモジュール名threads-MPI + GPU版のモジュール名
2018.12018.12018.1gpu
2016.52016.52016.5gpu
5.1.55.1.55.1.5gpu
5.1.15.1.15.1.1gpu

バッチスクリプトでの実行例(threads-MPI版の場合)

以下にMD計算に対するバッチスクリプトのサンプルを示します。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=8:mpiprocs=4

source /etc/profile.d/modules.csh
module load gromacs/xxx   (xxx は、上記のモジュール名を参考にしてください。)

setenv OMP_NUM_THREADS 2
cd $PBS_O_WORKDIR

gmx mdrun -ntomp 2 -ntmpi 4 -v -deffnm md

-ntomp オプションは、OpenMPのthreads数を指定します。-ntmpi オプションはMPIのthreads数を指定します。 そして、OpenMPのthreadsは、各MPIのthreadsに対して生成されますので、合計のthreads数は、-ntomp と -ntmpi で 指定したthreads数の積となります。
したがって、今回の例では -ntomp 2 -ntmpi 4 ですから、合計のthreads数は 8 となります。そのため、 #PBS -l での ncpus は 8 となり、mpiprocs は MPIのthreads数ですから 4 となります。
また、OpenMPのthreads数は、環境変数 OMP_NUM_THREADS での指定が必須です。 -ntomp での指定は必須ではありませんが、-ntomp を使う場合は 環境変数 OMP_NUM_THREADS と同じ値を指定してください。
Gromacsのバージョンが 5.x.x の場合は、OpenMPのthreads数は2以上としてください。

バッチスクリプトでの実行例(threads-MPI + GPU版の場合)

以下にMD計算に対するバッチスクリプトのサンプルを示します。

#!/bin/csh
#PBS -q PK5
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=1:ngpus=1

source /etc/profile.d/modules.csh
module load gromacs/xxx   (xxx は、上記のモジュール名を参考にしてください。)

setenv OMP_NUM_THREADS 2
cd $PBS_O_WORKDIR

gmx mdrun -ntomp 2 -ntmpi 4 -v -deffnm md

Gromacsのバージョンが 5.x.x の場合は、OpenMPによるthreads数は2以上としてください。

マニュアル

Gromacs Documentation(公式ホームページ)

関連サイト

Gromacs(公式ホームページ)