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Materials Science Suite

機能概要

Materials Science Suite は、材料化学系モデリングプログラムです。 分子構造の構築・モデルの作成、シミュレーション、特性予測やデータ分析などのすべての工程を容易に行うことができます。 また、気相および液相での高精度な第一原理計算、暗黙もしくは明示的な溶媒を用いた古典的シミュレーションが可能です。 計算結果を利用した予測機能としては、反応熱化学と反応経路探索、遷移状態理論からの反応・輸送速度定数、 酸化・還元ポテンシャル計算用の有効モデル、大規模な系の生成熱と原子化エネルギー、 遷移金属を含む系でのプロパティ計算、電場依存特性の有効な計算、複雑系の振動および電子スペクトル予測などが可能です。

Materials Science Suite では、以下のプログラムが利用できます。

  • Jaguar: 高速量子計算
  • Desmond:高速分子動力学計算
  • CombiGlide: コンビナトリアルライブラリ発生
  • MacroModel: 分子力場・配座解析
  • Canvas: ケムインフォマティクス・プラットフォーム
  • Knime Extensions: ワークフロー解析
  • Maestro:統合インターフェース

Desmond 以外は、同時実行数に限りがあります。

利用方法

各研究室内で特定のPCにインストールして利用することができますが、 一人の利用者がインストールして利用できる端末は当面1台に限らせていただきます。 利用希望者は 特殊アプリケーション利用申請書を提出してください。

PC端末と計算サーバのどちらでも計算を実行させることができます。

利用範囲

・京都大学所属ユーザ
・利用場所:宇治キャンパス

利用キュー

JP/PK

Desmond をご利用の場合は PK のみとなります。

PC端末から利用する場合の注意点

PC端末にて利用する場合、以下の手順で準備をお願いします。なお、YYYY-V はバージョン番号を示しています。(例えば、2017-2など)

  1. ダウンロードセンターより、インストールメディアおよびライセンスファイル(license.txt)および設定ファイル(schrodinger.hosts)を取得します。
  2. setup.exe を実行して、インストールを開始します。インストールの最後に、[configure] [OK] のボタンが表示されますが、[OK]を押して終了します。
  3. ライセンスファイルと設定ファイルをインストールディレクトリ以下に置きます。もし、インストールディレクトリが Program Files\SchrodingerYYYY-V であれば、 SchrodingerYYYY-V 以下においてください。すでに同じ名前のファイル名がある場合には、上書きコピーで構いません。
  4. 以下を参考にリモートログインの設定をしてください。
    1. Windowsのスタートメニューなどから、Schrodinger-YYYY-V -> Remote Login Configuration を起動し、"Remote Access Setup"画面を開きます。
    2. [Generate Keys]ボタンを押し、Private and public key-pair generated. というメッセージが出力されるので、[OK]を押します。
    3. [Initialize Host Access...]ボタンを押し、"Remote Access Initialization"画面を開きます。
    4. 以下に示すように、Hosts from schrodinger.hosts の User 欄には、PCユーザ名が表示されています。
      Enter a host and user nameHosts from schrodinger.hosts
      HostUserHostUser
      Double-click to editDouble-click to editfe2.scl.kyoto-u.ac.jpPCユーザ名
      a) PCユーザ名とスパコンユーザ名が同じ場合
      Hosts from schrodinger.hosts の下にある fe2.scl.kyoto-u.ac.jp の行を マウスでクリックして選択し、[Initialize]ボタンを押します。
      b) PCユーザ名とスパコンユーザ名が異なる場合
      Enter a host and user name の "Double-click to edit" と示されているHostの欄には fe2.scl.kyoto-u.ac.jp を、 Userの欄にはスパコンのユーザ名を入力してください。
      Enter a host and user nameHosts from schrodinger.hosts
      HostUserHostUser
      fe2.scl.kyoto-u.ac.jpスパコンユーザ名fe2.scl.kyoto-u.ac.jpPCユーザ名
      そして、いま入力した fe2.scl.kyoto-u.ac.jp の行をマウスでクリックして選択し、[Initialize] ボタンを押します。
    5. "Enter the password"という画面が表示されますので、スパコンアカウントのPassword を入力し、OKを押します。 Status 画面の最後に、Status:OK と表示されていれば、成功です。[Close]ボタンを押して、その画面を閉じてください。
    6. さらに、[Close]ボタンを押して、"Remote Access Setup"画面も閉じてください。これで、設定が完了です。

よくある質問

【質問】Materials Science起動時に、FATAL -1: Could not find a license file. と表示される。
【回答】ライセンスファイルを SchrodingerYYYY-V フォルダにおいてください。SchrodingerYYYY-V は、デフォルトでは Program Files 以下になります。

【質問】Materials Science起動時に、FATAL -96: Could not check out a license for mmlibs version 3.2. と表示される。
【回答】ライセンスファイルが壊れている可能性があります。再度、ダウンロードサイトより取得して、SchrodingerYYYY-V フォルダにコピーしてください。

【質問】Remote Login Configurationの設定でEnter a host and user name の欄の設定が削除できないため、設定をすべて元に戻したいのですが。
【回答】C:\Users\<ユーザ名>\AppData\Roaming\SchrodingerフォルダにあるSchrodingerPlinkConfig.iniを削除し、またC:\Users\<ユーザ名>以下の*.ppkファイルもすべて削除してください。 なお、AppDataは隠しファイルですので、もしAppDataが見つからない場合は、隠しファイルも表示するように、フォルダの表示オプションの設定を変更してください。

ダウンロード

以下よりインストールメディアおよび設定ファイルのダウンロードが可能です。

ダウンロードセンター(システムのIDとパスワードが必要)

マニュアル

関連サイト