LAMMPS

機能概要

LAMMPS は古典的な分子動力学コードであり、Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator の頭文字からなる名称です。
LAMMPS は金属や半導体といった固体材料、生体分子やポリマーなどのソフトな物質、あるいは粗視化またはメゾスコピックなシステムを 対象とした計算を行うことができます。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

JP/UV

実行方法

実行コマンドは lmp_mpich_g++ です。 lmp_mpich_g++ 実行前に、module コマンドで環境設定をしてください。

% module load lammps/16Feb

バッチスクリプトでの実行例

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10:mpiprocs=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load lammps/16Feb

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -np 10 lmp_mpich_g++ < input_file

この例では、実行CPU数は 10 と指定しています。

マニュアル

関連サイト

LAMMPS(公式ホームページ)