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スパコンシステムで利用可能なアプリケーションやデータベースについて以下にお知らせします。


計算化学関連

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
コンパイラ GCC5.3.0gccgcc/g++/gfortranJP/PK/UV制限なし
Intel2016.0.1.150intelicc/ifortJP/PK/UV制限なし
PGI Fortran15.10pgipgfortranJP/PK/UV非営利
Perfsuite1.1.4perfsuitepsrun/psprocessJP/PK/UV制限なし
数式処理 R3.2RRJP/UV制限なし
Mathematica11.0.0mathmath/mathematicaJP/UV京都大学内(宇治・桂・吉田)
化合物DB CSD2016CSDcq-京都大学内(宇治・桂・吉田)
Reaxys----非営利
計算化学
統合パッケージ
Materials Studio2016ms-JP/UV16京都大学内(宇治・桂・吉田)
Discovery Studio2017--JP20京都大学内(宇治・桂・吉田)
SCIGRESS2.8.0--JP/UV京都大学内(宇治・桂・吉田)
Materials Science Suite2015.4--PK京都大学内(宇治)
量子化学 ADF201410adfadfJP/UV京都大学内(宇治)
BAND201410bandbandJP/UV京都大学内(宇治)
GAMESS2014gamessgamessJP/UV制限なし
Gaussian16G16a03g16rung16JP/UV制限なし
GaussView66.0.16g16gv-制限なし
Gaussian09G09e01g09rung09JP/UV制限なし
GaussView55.0.9g09gv-制限なし
Molcas8.0molcasmolcasJP/UV京都大学内(宇治・桂・吉田)
Molpro2015.1.0molpromolproJP/UV京都大学内(宇治)
Q-Chem4.4.2qchem/4.4.2qchemJP/UV京都大学内(宇治)
TURBOMOLE7.0.1turbomoledscf/ricc2/ridft etc.JP/UV京都大学内(宇治)
分子動力学 AMBER14amberamber/14_mpiJP/UV非営利
Gromacs2016gromacsgmxJP制限なし
LAMMPS16 Feb 16lammpslmp_mpich_g++JP/UV制限なし
NAMD2.11namdnamd2JP/UV非営利
可視化・描画 gnuplot4.2.3-gnuplot-制限なし
grace5.1.25gracexmgrace-制限なし
molden5.4moldenmolden-制限なし
VMD1.9-vmd-制限なし
ツール関連 OpenBabel2.3.2-babel-制限なし

バイオインフォマティクス

名称 (外部サイトリンク)概要モジュール名キュー利用範囲
ABySS アセンブリングabyss JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
ALLPATHS-LG アセンブリングallpathslg JP/PK/UV制限なし
bamtools BAMファイル操作bamtools JP/PK/UV制限なし(MIT)
bcftools VCF, BCFファイル操作bcftools JP/PK/UV制限なし(MIT/Expat)
BioPerl バイオインフォマティクス用ライブラリperl JP/PK/UV制限なし(Artistic, GPLv3)
Biopython バイオインフォマティクス用ライブラリPython JP/PK/UV制限なし
BioRuby バイオインフォマティクス用ライブラリruby JP/PK/UV制限なし
BLAST+ ホモロジー検索blast+ JP/PK/UV制限なし(PDS)
Bowtie マッピングbowtie JP/PK/UV制限なし(Artistic License)
Bowtie2 マッピングbowtie2 JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
BWA マッピングbwa JP/PK/UV制限なし(GPLv3, MIT)
canu アセンブリングcanu JP/PK/UV制限なし
cap3 アセンブリングcap3 JP/PK/UV制限なし
CD-HIT 配列クラスタリングcd-hit JP/PK/UV制限なし(GPL2)
CheckM メタゲノム解析cd-hit JP/PK/UV制限なし(GPL3)
Clearcut系統樹作成clearcut JP/PK/UV制限なし
Clustal Omega マルチプルアラインメントclustal-omega JP/PK/UV制限なし(GPL2)
ClustalW2 マルチプルアラインメントclustalw2 JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
Cufflinks 遺伝子構造予測cufflinks JP/PK/UV制限なし(Boost License)
DBGET 統合データベース検索システムdbget JP/PK/UV制限なし
DIAMOND ホモロジー検索diamond JP/PK/UV制限なし
DISCOVAR 変異の検出discovar JP/PK/UV制限なし
DISCOVAR de novo アセンブリングdiscovardenovo JP/PK/UV制限なし
ea-utils FASTQファイル操作ea-utils JP/PK/UV制限なし
EMBOSS バイオインフォマティクスツール群EMBOSS JP/PK/UV制限なし(GPL)
ETE Toolkit 系統樹作成ete JP/PK/UV制限なし
eXpressRNA-seq 発現解析expressJP/PK/UV制限なし(Artistic License 2.0)
FAST 配列操作FAST JP/PK/UV制限なし(Artistic License 2.0)
FASTA ホモロジー検索fasta JP/PK/UV制限なし(Apache License 2.0)
FastQC FASTQファイルのクオリティチェックfastqc JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
FastTree 系統樹作成FastTree JP/PK/UV制限なし
FastTreeMP系統樹作成(FastTreeのOpenMP並列化版)FastTreeMPJP/PK/UV制限なし
FastUniqFASTQファイル操作FastUniq JP/PK/UV制限なし
FASTX-Toolkit fastq/fastaファイル操作fastx_toolkit JP/PK/UV制限なし(GPL3, MIT)
FLASHペアエンド配列を結合flashJP/PK/UV制限なし(GPLv3)
gatk NGS変異解析gatk JP/PK/UV非営利
GeneMarkS 遺伝子予測GeneMarkS JP/PK/UV学術利用
ghostx ホモロジー検索ghostx JP/PK/UV制限なし
ghostz ホモロジー検索ghostz JP/PK/UV制限なし
glimmer 遺伝子予測glimmer JP/PK/UV制限なし
GraPhlAn 分岐図作成graphlan JP/PK/UV制限なし
HMMER モチーフ検索hmmer JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
HHsuite HMMを利用したホモロジー検索hhsuite JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
HUMAnN2 メタゲノム解析humann2 JP/PK/UV制限なし
IDBAアセンブリングidbaJP/PK/UV制限なし(GPLv2)
Infernal RNAアラインメント予測infernal JP/PK/UV制限なし(BSD)
JELLYFISH Kmerカウントjellyfish JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
kallisto 発現量解析kallisto JP/PK/UV非営利
Kraken メタゲノム解析kraken JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
LEfSe メタゲノム解析lefse JP/PK/UV制限なし
MAFFT マルチプルアラインメントmafft JP/PK/UV制限なし(BSD)
MetaGeneAnnotator遺伝子予測MetaGeneAnnotatorJP/PK/UV制限なし
MetAMOS メタゲノム解析metamos JP/PK/UV制限なし
MetaPhlAn v2.0 メタゲノム解析metaphlan2 JP/PK/UV制限なし
MetaVelvet メタゲノムアセンブリングmetavelvet JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
Metaxa2メタゲノム解析Metaxa2 JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
mothur メタゲノム解析mothur JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
MrBayes 系統樹作成mrbayes JP/PK/UV制限なし(GPLv2)
MUMmer ゲノムアラインメントMUMmer JP/PK/UV制限なし(Artistic License)
MUSCLE マルチプルアラインメントmuscle JP/PK/UV制限なし(Public Domain)
ParDRe重複したショートリード配列を除去ParDRe JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
PbsExitStatusジョブ実行支援- JP制限なし
PHYLIP 系統樹作成phylip JP/PK/UV制限なし
PhyloBayesMPI 系統樹作成PhyloBayesMPI JP/PK/UV制限なし(GPLv2)
PicardNGSファイル操作picard-tools JP/PK/UV制限なし(MIT)
PICRUSt16S rRNA配列解析PICRUSt JP/PK/UV制限なし(GPLv2)
pplacerメタゲノム解析pplacer JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
PRINSEQ-lite FASTQ/FASTAファイル操作prinseq-lite JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
Prodigal遺伝子予測prodigal JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
PRRNマルチプルアラインメントprrn JP/PK/UV制限なし(GPLv2)
QIIMEメタゲノム解析qiime JP/PK/UV制限なし(GPLv2)
qsubarraypbsジョブ実行支援- JP制限なし
QUASTアセンブルの評価quast JP/PK/UV制限なし(GPLv2)
RAPSearch ホモロジー検索RAPSearch JP/PK/UV制限なし
raxml 系統樹作成raxml JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
Ray アセンブリングRay JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
RDP Classifier 16S rRNA配列解析rdp_classifier JP/PK/UV制限なし(GPLv2)
reapr アセンブリングの評価reapr JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
RSEM RNA-Seq解析RSEM JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
rtax 16S rRNA系統解析rtax JP/PK/UV制限なし
Samtools SAM/BAM/CRAM ファイル操作samtools JP/PK/UV制限なし(BSD, MIT)
SIMCOMP 化合物構造検索simcomp JP/PK/UV制限なし
soap2 マッピングsoap2 JP/PK/UV制限なし
SOAPdenovo アセンブリングSOAPdenovo JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
SortMeRNA 16S rRNA系統解析sortmerna JP/PK/UV制限なし
SPAdes アセンブリングSPAdes JP/PK/UV制限なし(GPLv2)
SRA Toolkit SRAファイル操作sratoolkit JP/PK/UV制限なし
ssearch ホモロジー検索ssearch JP/PK/UV制限なし(Apache License 2.0)
SUBCOMP 化合物部分構造検索subcomp JP/PK/UV制限なし
sumaclust 配列クラスタリングsumaclust JP/PK/UV制限なし
swarm アンプリコン解析swarm JP/PK/UV制限なし(AGPLv3)
T-Coffee マルチプルアラインメントt_coffee JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
TopHat RNA-Seq解析tophat JP/PK/UV制限なし(Artistic License)
TopHat2 RNA-Seq解析tophat2 JP/PK/UV制限なし(BSL 1.0)
TRF 縦列型反復配列の検出trf JP/PK/UV制限なし
Trimmomatic アダプター配列除去trimmomatic JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
trinity RNA-Seqアセンブリングtrinity JP/PK/UV制限なし
32-bit USEARCH ホモロジー検索usearch JP/PK/UV制限なし
VCFtools VCFファイル操作vcftools JP/PK/UV制限なし(LGPLv3)
Velvet アセンブリングvelvet JP/PK/UV制限なし(GPLv3)
VirSorter微生物ゲノムデータからウィルスゲノムを抽出VirSorterJP/PK/UV制限なし(GPLv2)
VSEARCH ホモロジー検索vsearch JP/PK/UV制限なし(GPLv3, BSD)

ownCloud 計算サービス

GenomeNet ownCloud 計算サービスの利用を開始する際には事前に準備が必要ですので、利用をご希望の際はスパコンシステムにお知らせください。

名称概要利用範囲
ETE系統樹作成制限なし

バイオデータベース

バイオインフォマティクスデータベースファイルは、データベース名やファイル形式の種別に応じて
/db/(種別)/(ディレクトリ名)/
に格納されています。

名称概要種別ディレクトリ名利用範囲
GenBank 塩基配列データベースdbget, blast, fasta genbank 制限なし
GenBank-upd塩基配列データベースdbget, blast, fasta genbank-upd制限なし
GenPept GenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベースblast, fasta, diamond, ghostx genpept 制限なし
GenPept-updGenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベースblast, fasta genpept-upd制限なし
RefSeq塩基配列・アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx refseq 制限なし
MGENESメタゲノム情報 dbget, blast, fasta mgenes 制限なし
NR-NT重複を取り除いた塩基配列データベース blast, fasta nr-nt 制限なし
NR-AA重複を取り除いたアミノ酸配列データベースblast, fasta, diamond, ghostx nr-aa 制限なし
NCBI BLASTデータベースNCBIで公開されているBLASTデータベース
(nr, nt, swissprot, refseq_protein, 等)
blast, fasta, diamond, ghostxncbi 制限なし
UniProt/Swiss-Protアミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx swissprot制限なし
UniProt/TrEMBL アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx trembl 制限なし
dbESTEST(Expressed Sequence Tags)配列blast, fasta dbest制限なし
dbGSSGSS(Genome Survey Sequences)配列blast, fasta dbgss制限なし
dbSTSSTS(Sequence Taged Sites)配列 blast, fasta dbsts制限なし
SilvaリボソームRNA配列データベースdbget, blast, fasta silva制限なし
RDP リボソームRNA配列データベースdbget, blast, fasta rdp 制限なし
PR2 リボソームRNA配列データベースdbget, blast, fasta pr2 制限なし
PDBSTRPDBのアミノ酸配列 blast, fasta, diamond pdbstr制限なし
Pfamタンパク質ドメインファミリーdbget, hmmer Pfam 制限なし
NCBI CDDNCBI Conserved Domain Databasedbget, rpsblast ncbi-cdd制限なし