HOME > アプリケーション一覧

スパコンシステムで利用可能なアプリケーションやデータベースについて以下にお知らせします。


コンパイラ等

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
コンパイラ GCC4.2 〜 7.3gccgcc/g++/gfortranJP/PK/UV制限なし
Intel2018intel/2018icc/ifortJP/PK/UV制限なし
PGI Fortran15.10pgipgfortranJP/PK/UV非営利
性能解析Perfsuite1.1.4perfsuitepsrun/psprocessJP/PK/UV制限なし
GPUCUDA7.5, 8.0cudanvccPK制限なし
MPIライブラリMPICH3.2mpichmpicc/mpirunJP/PK/UV制限なし
Open MPI1.8 〜 3.0openmpimpicc/mpirunJP/PK/UV制限なし
行列演算ライブラリOpenBLAS0.2.20OpenBLAS-JP/PK/UV制限なし(BSD License)

数学

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
統計解析言語R3.2, 3.3, 3.4RR/RscriptJP/PK/UV制限なし(GPLv2)
数式処理Mathematica11.3.0mathmath/mathematicaJP/UV京都大学内(宇治・桂・吉田)
GNU Octave4.2octaveoctave/octave-cliJP/PK/UV制限なし(GPLv3)

ディープラーニング

名称バージョンモジュール名キューPython利用範囲
Caffe1.0caffeJP/PK3.6制限なし(BSD 2-Clause license)
Chainer3.0.0chainerJP/PK3.6制限なし(MIT License)
TensorFlow1.3.1tensorflowJP/PK/UV3.6制限なし(Apache License 2.0)

計算化学

名称に★がついているアプリケーションはGPU対応版も利用可能です。

分類名称バージョンモジュール名主なコマンドキュー利用範囲
化合物DB CSD2018CSDcq-京都大学内(宇治・桂・吉田)
Reaxys----京都大学所属もしくはその他
計算化学
統合パッケージ
Materials Studio2018ms/18.1-JP/UV京都大学内(宇治・桂・吉田)
Discovery Studio2018--UV16京都大学内(宇治・桂・吉田)
SCIGRESS2.8.0--JP/UV京都大学内(宇治・桂・吉田)
Materials Science Suite ★2018.1--JP/PK京都大学内(宇治)
量子化学 ADF2018103adfadfJP/UV京都大学内(宇治)
BAND2017105bandbandJP/UV京都大学内(宇治)
Dalton2016daltondaltonJP/UV制限なし
GAMESS2014gamessgamessJP/UV制限なし
Gaussian16G16b01g16/b01rung16JP/UV制限なし
GaussView66.0.16g16/b01gv-制限なし
Gaussian09G09e01g09/e01rung09JP/UV制限なし
GaussView55.0.9g09/e01gv-制限なし
Gaussian/GaussView
サイトライセンス
----京都大学内(宇治)
Molcas8.0molcasmolcasJP/UV京都大学内(宇治・桂・吉田)
Molpro2018molpro/2018molproJP/UV京都大学内(宇治)
Q-Chem5.1qchem/5.1qchemJP/UV非営利
Quantum Espresso6.3qe/6.3cp.x/pw.xJP/UV制限なし
TURBOMOLE7.0.1turbomoledscf/ricc2/ridftJP/UV京都大学内(宇治)
分子動力学 AMBER ★14amberpmemd/sanderJP/PK/UV非営利
Gromacs ★2018.1, 2016.5, 5.1.5 etc.gromacs/18.1,18.1gpu etc.gmxJP/PK制限なし
LAMMPS ★22 Aug 18lammps/1808intellmp_intelJP/UV制限なし
lammps/1808gpulmp_intel_gpuPK制限なし
NAMD2.12namdnamd2JP/UV非営利
可視化・描画 gnuplot4.2.3-gnuplot-制限なし
grace5.1.25gracexmgrace-制限なし
molden5.4, 5.7moldenmolden-制限なし
VMD1.9.3-vmd-制限なし
ツール関連 OpenBabel2.3.2-babel-制限なし

バイオインフォマティクス

名称 (外部サイトリンク)概要モジュール名キュー利用範囲
ABySS アセンブリング abyss JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
ALLPATHS-LG アセンブリング allpathslg JP/PK/UV 制限なし
ANIcalculator 2つのゲノム配列の average nucleotide identity (ANI) を計算。 ANIcalculator JP/PK/UV 学術利用, 非営利
Anvi'o オミックス解析 anvio JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
bamtools BAMファイル操作 bamtools JP/PK/UV 制限なし(MIT)
bcftools VCF, BCFファイル操作 bcftools JP/PK/UV 制限なし(MIT/Expat)
bedtools BAM, BED, GFF/GTF, VCFファイル操作 bedtools JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
Binning_refiner 複数のビニングツールの結果をまとめ、改善 Binning_refiner JP/PK/UV 制限なし(AGPLv3)
BinSanity メタゲノム解析(ビニング) BinSanity JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
Bioconductor Rのバイオインフォマティクス用ライブラリ Bioconductor, R JP/PK/UV 制限なし(Artistic 2.0, GPLv2, or BSD)
BioPerl バイオインフォマティクス用ライブラリ BioPerl, perl JP/PK/UV 制限なし(Artistic, GPLv3)
Biopython バイオインフォマティクス用ライブラリ Biopython, Python JP/PK/UV 制限なし
BioRuby バイオインフォマティクス用ライブラリ BioRuby, ruby JP/PK/UV 制限なし
BLAST+ ホモロジー検索 blast+ JP/PK/UV 制限なし(PDS)
BLAT ホモロジー検索 blat JP/PK/UV 学術利用、非営利
Bowtie マッピング bowtie JP/PK/UV 制限なし(Artistic License)
Bowtie2 マッピング bowtie2 JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
BWA マッピング bwa JP/PK/UV 制限なし(GPLv3, MIT)
canu アセンブリング canu JP/PK/UV 制限なし
cap3 アセンブリング cap3 JP/PK/UV 制限なし
CD-HIT 配列クラスタリング cd-hit JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
Celera Assembler アセンブリング wgs JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
Centrifuge メタゲノム解析(ビニング) centrifuge JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
CGAT Scripts NGS解析ツール集 cgat JP/PK/UV 制限なし
CheckM メタゲノム解析 CheckM JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
Clearcut 系統樹作成 clearcut JP/PK/UV 制限なし
Clustal Omega マルチプルアラインメント clustal-omega JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
ClustalW2 マルチプルアラインメント clustalw2 JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
COCACOLA (Python版) メタゲノム解析(ビニング) COCACOLA JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
CoLoRMap NGS解析 colormap JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
CUDASW++ GPUを使用したSmith-Waterman ホモロジー検索 cudasw++ PK
Cufflinks 遺伝子構造予測 cufflinks JP/PK/UV 制限なし(Boost License)
cutadapt アダプター配列除去 cutadapt, Python JP/PK/UV 制限なし(MIT)
DAS Tool メタゲノム解析(ビニング) DAS_Tool JP/PK/UV 制限なし
DBGET 統合データベース検索システム dbget JP/PK/UV 制限なし
DIAMOND ホモロジー検索 diamond JP/PK/UV 制限なし(AGPLv3)
DISCOVAR 変異の検出 discovar JP/PK/UV 制限なし
DISCOVAR de novo アセンブリング discovardenovo JP/PK/UV 制限なし
dRep ゲノム配列比較 dRep JP/PK/UV 制限なし
ea-utils FASTQファイル操作 ea-utils JP/PK/UV 制限なし
ELSA Extended Local Similarity Analysis elsa JP/PK/UV 制限なし
EMBOSS バイオインフォマティクスツール群 EMBOSS JP/PK/UV 制限なし(GPL)
ETE Toolkit 系統樹作成 ete JP/PK/UV 制限なし
eXpress RNA-seq 発現解析 express JP/PK/UV 制限なし(Artistic License 2.0)
FAST 配列操作 FAST JP/PK/UV 制限なし(Artistic License 2.0)
FASTA ホモロジー検索 fasta JP/PK/UV 制限なし(Apache License 2.0)
FASTA Splitter FASTAファイル分割ツール fasta-splitter JP/PK/UV 制限なし(zlib/libpng license)
FastME 系統樹作成 fastme JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
FastQC FASTQファイルのクオリティチェック fastqc JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
FASTQ Splitter FASTQファイル分割ツール fastq-splitter JP/PK/UV 制限なし(zlib/libpng license)
FastSpar 微生物種間ネットワーク作成 fastspar JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
FastTree 系統樹作成 FastTree JP/PK/UV 制限なし
FastTreeMP 系統樹作成(FastTreeのOpenMP並列化版) FastTreeMP JP/PK/UV 制限なし
FastUniq FASTQファイル操作 FastUniq JP/PK/UV 制限なし
FASTX-Toolkit fastq/fastaファイル操作 fastx_toolkit JP/PK/UV 制限なし(GPLv3, MIT)
FigTree 系統樹ビューア figtree fe1
FLASH ペアエンド配列を結合 flash JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
fqtools FASTQファイル操作 fqtools JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
FragGeneScan ショートリード配列中の遺伝子(断片)を検出 FragGeneScan JP/PK/UV 制限なし(GPL)
gatk NGS変異解析 gatk JP/PK/UV 非営利(バージョン3以前)
制限なし(バージョン4以降)
GeneMarkS 遺伝子予測 GeneMarkS JP/PK/UV 学術利用
ghostx ホモロジー検索 ghostx JP/PK/UV 制限なし
ghostz ホモロジー検索 ghostz JP/PK/UV 制限なし
glimmer 遺伝子予測 glimmer JP/PK/UV 制限なし
GPU MrBayes GPU版MrBayes gpu-mrbayes PK 制限なし(GPLv2)
GraPhlAn 分岐図作成 graphlan JP/PK/UV 制限なし
HISAT2 マッピング hisat2 JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
HMMER モチーフ検索 hmmer JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
HHsuite HMMを利用したホモロジー検索 hhsuite JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
HUMAnN2 メタゲノム解析 humann2 JP/PK/UV 制限なし
IDBA アセンブリング idba JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
IGV ゲノムビューア IGV fe1 制限なし(MIT)
Infernal RNAアラインメント予測 infernal JP/PK/UV 制限なし(BSD)
JELLYFISH Kmerカウント jellyfish JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
kallisto 発現量解析 kallisto JP/PK/UV 非営利(バージョン0.43.0以前)
制限なし(バージョン 0.43.1以降)
Kraken メタゲノム解析 kraken JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
LAST ゲノム配列アラインメント last JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
LEfSe メタゲノム解析 lefse JP/PK/UV 制限なし
MAFFT マルチプルアラインメント mafft JP/PK/UV 制限なし(BSD)
Mash ゲノム配列、メタゲノム配列の比較 mash JP/PK/UV 制限なし
MaxBin メタゲノム解析 MaxBin JP/PK/UV 制限なし
MEGAHIT メタゲノム用アセンブラー megahit JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
MEME モチーフ検索 meme JP/PK/UV 学術利用, 非営利
MetaBAT2 メタゲノム解析(ビニング) MetaBAT2 JP/PK/UV 制限なし
MetaGeneAnnotator 遺伝子予測 MetaGeneAnnotator JP/PK/UV 制限なし
MetAMOS メタゲノム解析 metamos JP/PK/UV 制限なし
MetaPhlAn v2.0 メタゲノム解析 metaphlan2 JP/PK/UV 制限なし
MetaVelvet メタゲノムアセンブリング metavelvet JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
Metaxa2 メタゲノム解析(生物種の同定) Metaxa2 JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
Minia アセンブリング minia JP/PK/UV 制限なし(AGPLv3)
MMseq2 ホモロジー検索、配列クラスタリング mmseq2 JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
mothur メタゲノム解析 mothur JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
MrBayes 系統樹作成 mrbayes JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
MUMmer ゲノムアラインメント MUMmer JP/PK/UV 制限なし(Artistic License)
MUSCLE マルチプルアラインメント muscle JP/PK/UV 制限なし(Public Domain)
MyCC メタゲノム解析パイプライン MyCC JP/PK/UV -
Oligotyping 16S rRNA配列解析 Oligotyping, Python JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
OrthoFinder オーソログ解析 orthofinder JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
ParDRe 重複したショートリード配列を除去 ParDRe JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
PbsExitStatus ジョブ実行支援 - JP 制限なし
PHYLIP 系統樹作成 phylip JP/PK/UV 制限なし
PhyloBayesMPI 系統樹作成 PhyloBayesMPI JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
PhyloPhlAn メタゲノム解析 phylophlan JP/PK/UV 制限なし
PhyloSift メタゲノム配列の系統樹解析、生物種分類 phylosift JP/PK/UV 制限なし(GPL)
Picard NGSファイル操作 picard-tools JP/PK/UV 制限なし(MIT)
PICRUSt 16S rRNA配列解析 PICRUSt JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
Platanus アセンブリング platanus JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
pplacer メタゲノム解析 pplacer JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
PRANK マルチプルアラインメント prank JP/PK/UV 制限なし(GPL)
PRINSEQ-lite FASTQ/FASTAファイル操作 prinseq-lite JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
Prodigal 遺伝子予測 prodigal JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
PRRN マルチプルアラインメント prrn JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
Pullseq fasta, fastqファイルから配列を抽出 pullseq JP/PK/UV 制限なし
QIIME メタゲノム解析(菌叢解析パイプライン) qiime JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
QIIME2 メタゲノム解析(菌叢解析パイプライン) qiime2 JP/PK/UV 制限なし(BSD 3-Clause License)
qsubarraypbs ジョブ実行支援 - JP 制限なし
QUAST アセンブルの評価 quast JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
RAPSearch ホモロジー検索 RAPSearch JP/PK/UV 制限なし
raxml 系統樹作成 raxml JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
Ray アセンブリング Ray JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
RDP Classifier 16S rRNA配列解析 rdp_classifier JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
reapr アセンブリングの評価 reapr JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
RepeatMasker ゲノム配列中のリピート配列をマスク RepeatMasker JP/PK/UV 制限なし(Open Software License v2.1)
RSEM RNA-Seq解析 RSEM JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
rtax 16S rRNA系統解析 rtax JP/PK/UV 制限なし
Salmon RNA-Seq解析 salmon JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
Samtools SAM/BAM/CRAM ファイル操作 samtools JP/PK/UV 制限なし(BSD, MIT)
SeaView マルチプルアラインメント・系統樹ビューア/エディタ seaview fe1 制限なし(GPLv3)
SeqKit FASTA/FASTQ ファイル操作 seqkit JP/PK/UV 制限なし(MIT)
Seqtk FASTA/FASTQ ファイル操作 seqtk JP/PK/UV 制限なし(MIT)
SIMCOMP 化合物構造検索 simcomp JP/PK/UV 制限なし
Simka メタゲノム解析 simka JP/PK/UV 制限なし(AGPLv3)
soap2 マッピング soap2 JP/PK/UV 制限なし
soap3-dp GPUを利用したマッピング soap3-dp PK 制限なし(GPLv2)
SOAPdenovo アセンブリング SOAPdenovo JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
SortMeRNA 16S rRNA系統解析 sortmerna JP/PK/UV 制限なし
SPAdes アセンブリング SPAdes JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
SRA Toolkit SRAファイル操作 sratoolkit JP/PK/UV 制限なし
ssearch Smith-Waterman ホモロジー検索 ssearch JP/PK/UV 制限なし(Apache License 2.0)
SSU-ALIGN SSU rRNAの構造アラインメント ssu-align JP/PK/UV 制限なし(BSD)
STAR RNA-Seq用マッピングツール STAR JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
StringTie RNA-Seq解析 stringtie JP/PK/UV 制限なし(Artistic License)
SUBCOMP 化合物部分構造検索 subcomp JP/PK/UV 制限なし
subread マッピング、リードカウント subread JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
sumaclust 配列クラスタリング sumaclust JP/PK/UV 制限なし
swarm アンプリコン解析 swarm JP/PK/UV 制限なし(AGPLv3)
T-Coffee マルチプルアラインメント t_coffee JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
TopHat RNA-Seq解析 tophat JP/PK/UV 制限なし(Artistic License)
TopHat2 RNA-Seq解析 tophat2 JP/PK/UV 制限なし(BSL 1.0)
TRF 縦列型反復配列の検出 trf JP/PK/UV 制限なし
trimAl マルチプルアラインメント整形ツール trimal JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
Trimmomatic アダプター配列除去 trimmomatic JP/PK/UV 制限なし(GPLv3)
trinity RNA-Seqアセンブリング trinity JP/PK/UV 制限なし
32-bit USEARCH ホモロジー検索 usearch JP/PK/UV 制限なし
VCFtools VCFファイル操作 vcftools JP/PK/UV 制限なし(LGPLv3)
Velvet アセンブリング velvet JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
VennPainter ベン図作成 VennPainter JP/PK/UV 制限なし(LGPL v2.1)
VirSorter 微生物ゲノムデータからウィルスゲノムを抽出 VirSorter JP/PK/UV 制限なし(GPLv2)
VSEARCH ホモロジー検索 vsearch JP/PK/UV 制限なし(GPLv3, BSD)

ownCloud 計算サービス

GenomeNet ownCloud 計算サービスの利用を開始する際には事前に準備が必要ですので、利用をご希望の際はスパコンシステムにお知らせください。

名称概要利用範囲
ETE 系統樹作成 制限なし

バイオインフォマティクスデータベース

バイオインフォマティクスデータベースファイルは、データベース名やファイル形式の種別に応じて
/db/(種別)/(ディレクトリ名)/
に格納されています。

名称概要種別ディレクトリ名利用範囲
GenBank 塩基配列データベース dbget, blast, fasta genbank 制限なし
GenBank-upd 塩基配列データベース dbget, blast, fasta genbank-upd 制限なし
GenPept GenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベース blast, fasta, diamond, ghostx genpept 制限なし
GenPept-upd GenBankに登録されているCDSを翻訳したアミノ酸配列データベース blast, fasta genpept-upd 制限なし
RefSeq 塩基配列・アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx refseq 制限なし
MGENES メタゲノム情報 dbget, blast, fasta mgenes 制限なし
NR-NT 重複を取り除いた塩基配列データベース blast, fasta nr-nt 制限なし
NR-AA 重複を取り除いたアミノ酸配列データベース blast, fasta, diamond, ghostx nr-aa 制限なし
NCBI BLASTデータベース NCBIで公開されているBLASTデータベース
(nr, nt, swissprot, refseq_protein, 等)
blast, fasta, diamond, ghostx ncbi 制限なし
UniProt/Swiss-Prot アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx swissprot 制限なし
UniProt/TrEMBL アミノ酸配列データベース dbget, blast, fasta, diamond, ghostx trembl 制限なし
UniRef アミノ酸配列データベース blast, fasta, diamond uniref 制限なし
dbEST EST(Expressed Sequence Tags)配列 blast, fasta dbest 制限なし
dbGSS GSS(Genome Survey Sequences)配列 blast, fasta dbgss 制限なし
dbSTS STS(Sequence Taged Sites)配列 blast, fasta dbsts 制限なし
Silva リボソームRNA配列データベース dbget, blast, fasta silva Academic
RDP リボソームRNA配列データベース dbget, blast, fasta rdp 制限なし
PR2 リボソームRNA配列データベース dbget, blast, fasta pr2 制限なし
PDBSTR PDBのアミノ酸配列 blast, fasta, diamond pdbstr 制限なし
Pfam タンパク質ドメインファミリー dbget, hmmer Pfam 制限なし
NCBI CDD NCBI Conserved Domain Database dbget, rpsblast ncbi-cdd 制限なし