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アプリケーション

アプリケーション

スーパーコンピュータシステムでは、共有メモリ型スパコンや分散型スパコンを有効に活用していただけるよう、各種の計算生物学ソフトウェアや配列データベース、 計算化学アプリケーションや化合物・反応・結晶構造データベースなどを提供しています。

また、モデリングから計算処理および計算結果の可視化まで、すべてPC端末上で行うことができるネットワークライセンス型アプリケーションや、 計算処理をサーバ上で行い、モデリングや計算結果の可視化はPC端末上で行うことができるサーバ・クライアント型アプリケーションも 導入されています。そのため、研究室のPC端末上でも直接アプリケーションをご利用いただくことができます。

利用可能な計算化学アプリケーションとしては、分子力学、分子動力学、量子化学計算の他、それらを統合した計算化学統合プラットフォーム製品も利用できます。 具体的には、Amber, ADF&BAND, Gaussian/GaussView, SCIGRESS, Materials Studio, Discovery Studio, Materials Science Suite などがあります。
また、化学関連データベースとして、化合物・反応データベースReaxys や結晶構造データベースCSD が利用できます。
なお、いくつかのアプリケーションでは、利用制限が設けられている場合があります。

その他、数式処理アプリケーションとしてMathematicaが利用できます。 こちらもネットワークライセンス型アプリケーションであり、研究室のPC端末上でも利用が可能です。

共有メモリ型スパコンや分散型スパコンではプログラムを開発することも可能です。開発環境としては、自動並列化機能を備えたIntelコンパイラ、科学計算ライブラリや性能解析ツールなどが用意されています。これらのツールを使用することで、OpenMPやMPIを利用した大規模な並列プログラムを効率的に開発・実行することも可能です。