NAMD

機能概要

NAMD は、巨大な生体分子システムの高性能シミュレーションを行うことを目的とした、分子動力学計算コードです。 2002年にゴードンベル賞、2012年にはシドニー・ファーンバック賞を受賞しています。

利用方法

利用範囲

特になし

利用キュー

JP/UV

実行方法

実行コマンドは namd2 です。 namd2 実行前に、module コマンドで環境設定をしてください。

% module load namd/2.11

バッチスクリプトでの実行例

以下にバッチスクリプトのサンプルを示します。 また、実行CPU数の指定は赤字部分になります。すべて同じ数字としてください。

#!/bin/csh
#PBS -q JP10
#PBS -N title
#PBS -l select=1:ncpus=10

source /etc/profile.d/modules.csh
module load namd/2.11

cd $PBS_O_WORKDIR

namd2 +p10 ubq_ws_eq.conf

この例では、実行CPU数は 10 と指定しています。また、設定ファイル名は ubq_ws_eq.conf としています。

マニュアル

関連サイト

NAMD(公式ホームページ)